Nejvyšším orgánem ČPU je shromáždění členů. Statutárním orgánem ČPU je prezidium, které odpovídá za svoji činnost shromáždění členů. Jeho členové jsou pověřeni odborným dohledem nad vybranými oblastmi působnosti. Dozorčí komise dohlíží na hospodaření ČPU.

Úkolem výkonného pracoviště je zajistit efektivní působení ČPU v předmětu činnosti definovaném ve Stanovách. Ve vlastní struktuře zpracovává analýzy, konzultuje se členy a investory, partnerskými organizacemi a státní správou v ČR i v zahraničí, předkládá návrhy řešení prezidiu a shromáždění členů, ve spolupráci s prezidiem nebo po dohodě samostatně projednává schválená řešení s orgány státní správy a institucemi v ČR i EU. Zastupuje ČPU v Eurogasu, kde uplatňuje návrhy vůči evropským strukturám, zprostředkovává přenos zpracovaných informací členům ČPU, doporučuje řešení k aplikaci v ČR.

Konzultace se členy se realizuje v tematicky zaměřených sekcích (stálé pracovní skupiny), ve kterých jsou ve spolupráci s delegovanými zástupci členů vyvíjeny návrhy řešení popř. předkládány a projednávány potřeby odvětví. Kromě toho mohou být vytvářeny příležitostné pracovní skupiny k aktuálním tématům.

Pracovníci výkonného pracoviště vedou se státní správou jednání na pracovní i řídící úrovni, v zásadních otázkách při jednáních na řídící a nejvyšší úrovni zastupují ČPU členové presidia.

Prezidium v současnosti působí ve složení:

• Prezident: Ing. Oldřich Petržilka (prezident a generální sekretář ČPU)
• Viceprezident: Martin Herrmann (předseda představenstva, CEO, RWE Transgas, a.s.),
• Člen prezidia: Ing. Ladislav Pospíšil (předseda představenstva Pražská plynárenská Distribuce, a.s.),
• Člen prezidia: Dipl.-Ing. Michael Fehn (předseda představenstva, E. ON Energie, a.s.) 

Dozorčí komise působí ve složení:

• Člen komise: Ing. Lubomír Frydrych (vedoucí odboru účetnictví a řízení daní, Východočeská plynárenská, a.s.)
• Člen komise: Ing. Ivo Kršek (kancelář představenstva, E.ON Distribuce, a.s.)
• Člen komise: Ing. Josef Hais (obchodní ředitel, Pražská plynárenská, a.s.)

Výkonné pracoviště pracuje pod vedením Ing. Oldřicha Petržilky (prezident a generální sekretář ČPU).

Byla přijata rovněž změna stanov upravující podmínky pro členství tak,
aby ČPU byla připravena zastupovat významné provozovatele jedno-
tlivých částí plynárenské soustavy ČR, tj. držitele licence na přepravu plynu, držitele licence na distribuci plynu, držitele licence na uskladňování plynu a obchodníky s plynem.